按照上海市医疗卫生体制改革“5+3+1”工程的整体部署，全面负责崇明三级医院创建工作，派出阵容强大的专家组进驻新华医院（崇明），全部覆盖《上海市三级综合医院评审标准》所要求学科专业，协助人才培养，开展适宜技术，医疗业务量迅速提升，学科建设跃上台阶，市局级以上课题和市级继续教育项目实现突破，成为上海市唯一一家国家肿瘤规范化诊治试点医院。组建“新华－崇明医疗联合体”，由新华医院作为龙头，实现崇明岛内24家公立医院的资源共享，在各级医疗机构之间建立更为紧密的分工合作机制，提升医疗管理、服务水平和效率，减少医疗资源浪费，并在此基础上开展管理运行、医保支付、居民就医模式等改革，为海岛居民提供更优质的医疗服务。

    近年来，医院作为核心医院与上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心、上海交通大学医学院附属第三人民医院、新华医院（崇明）、崇明堡镇人民医院共同组建了新华医院集团。医院响应卫生部及上海市政府号召，积极做好援疆、援滇等对口支援工作。与本市及外地的市区县签约，支援周边29所社区卫生服务中心和郊区、农村的医疗机构。

    医院占地面积112亩，总体建筑面积达19.2万平方米，设施一流的医疗保健综合楼、成人急诊儿科门急诊大楼、门诊综合楼、外科大楼、妇儿楼和医技楼为病人提供了优美、舒适的就医环境，新建成的科教大楼进一步为医教研和管理工作的腾飞提供了保证。各种先进的医疗设备为病人提供着优质的服务，包括PETCT、DSCT（双源CT）、SPECT/CT、ICT、2台核磁共振、4台螺旋CT、3台数字减影血管造影机、2台直线加速器、ECT、高压（低压）氧治疗舱、全自动生化分析仪器、流式细胞仪、全自动蛋白分析仪等大型设备，与各类监护、检验、影像诊断仪器组成了强大的现代化医疗设备阵容，确保了诊断和治疗的品质。

    自上世纪七十年代起，医院与其它国家的医疗机构共建合作项目，与国外逾20所大学和医院建立友好合作和学术交流，包括美国芝加哥大学普里茨克尔医学院、美国威斯康辛大学医学院、加拿大麦克马斯特大学、法国巴黎第十二大学HENRI MONDOR医院等。在世界健康基金会（Project HOPE）支持下凝聚几代新华人的智慧与汗水，成功打造了一座现代化上海儿童医学中心。各类国际交流活动蓬勃开展，既为医院的发展增添了活力，也充分展示了中国医院的良好形象。